Основанный первым португальским королем в 1153 году, Монастырь цистерцианца Alcobaça (Mosteiro de Santa Maria de Alcobaça), был один из самых богатых и самых престижных монастырей в средневековой Европе. Церковь монастыря, была первым зданием в Португалии, построенном в Готическом стиле, и до сих пор является крупнейшей церковью в стране.
В марте 1147 года, во время столкновений с маврами, Афонсо Энрик поклялся, что построит большой монастырь, если Бог предоставит ему победу. После победы в сражения и восхождении на португальский престол, король Афонсо сдержал свое обещание. Он основал Монастырь Св. Марии в Alçobaca в 1153 году и передал его цистерцианскому аббату Бернарду из Clairvaux.
Св. Бернард умер немного позже в этом же году, а его монахи вскоре переехали в Alçobaca. Цистерцианские монахи жили в простых деревянных зданиях в течение нескольких десятилетий, пока шло строительство здания монастыря. Строительные работы началась еще в 1178 и завершились к 1223 году.
Архитекторы монастыря неизвестны, но вероятно они были французского происхождения и опирались в разработке дизайна на Аббатстве Clairvaux, основанном Св. Бернардом в 1115 году. Это аббатство не выстояло до сегодняшнего дня, делая тем самым Монастырь Alcobaça важнейшим представителем ранней цистерцианской архитектуры. Когда церковь была закончена в 1252 году, это было первое полностью Готическое здание и крупнейшая церковь во всей Португалии. В конце 13-ого столетия, король Динис основал так же Готический монастырь, известный ныне как Монастырь Тишины.
За столетия монахи Alcobaca сделали существенный вклад в португальскую культуру. В 1269 году они были первыми, кто поведал об истории их существования, а позже они выпустили известную теперь историю в серии книг в Португалии. Библиотека в Alcobaça была одной из самых больших в Португалии. Множество португальских монархов были похоронены в Монастыре Alcobaça в 13-ых и 14-ых столетиях, включая Afonso II, Afonso III, и их королев, так же как короля Педро I и его злополучную любовницу, Ине де Кастро.
Во время господства Мануэля I к монастырю был добавлен второй этаж, и построена новая ризница в богатом декоративном стиле Manueline. Далее монастырь был увеличен в 18-ом столетии, добавлением нового монастыря и новых церковных башен. Монастырь избежал больших повреждений в землетрясении 1755 года. В 1794 году лорд Бекфорд посетил монастырь и огласил, что нашел там приблизительно 300 монахов, «живущих в очень великолепной манере! «. Но монашеская жизнь в Alcobaca должна была скоро закончиться.
В 1810 году при вторжении французских войск, известная библиотека была разграблена, включая могилы, была сожжена часть внутреннего художественного оформления церкви.
Монастырь Alcobaca был признан объектом Всемирного наследия в 1989 году, потому что «его размер, архитектурный стиль и красота материалов, делают это здание настоящим шедевром цистерцианского искусства.»